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细菌16S测序服务

来源: 发布时间:2021-07-18

在过去的十几年中,下一代测序(NGS)技术被

用于探索各种生态系统中微生物群落的多样

性和组成结构,对研究海洋、土壤、宿主等环境中

的微生物构成有重要的指导作用,同时也是系统发

育和分类学研究中一种使用的方法,特别是应

用于不同的环境宏基因组学样本中。随着高通量

测序技术的不断发展和参考数据库的不断更新,利

用核糖体操纵子作为 DNA 标记可以揭示不同生态

系统中的微生物多样性和组成。采用第二代高通量

测序平台测定的16S/18S/ITS某个高变区域的序列,

可以反映环境样品在细菌、、古菌等分类方面

物种之间的差异。然而,针对不同的环境样本,引

物的选择和实验过程仍然需要更细致的验证。


16s 18S ITS 的不同测序会有不同的优势。细菌16S测序服务

扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。通过检测目标区域的序列变异和丰度,以研究环境微生物多样性及群落组成差异。16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。ITS分为两个区域:ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于5.8S和28S之间。采用 Illumina测序平台,通量高,速度快,运行时间短,周期短。信息分析分析内容=标准分析+高级分析。基于测序得到的序列,进行 OUT聚类和物种注释分析,获得物种的丰度分布。研究样本中环境微生物多样性和群落结构差异性。细菌16S测序服务ITS 的各种测序应用领域还是不一样的。

传统的微生物鉴定方法,主要通过将微生物培养后依据形态学、生理生化反应、生态学特征等进行鉴别。 Orji 等指出这种方法只能检测出约 1%的重要病原菌,而利用宏基因组学、高通量测序、系统发育树分析等

技术,自然界中 的致病菌都能得到研究。随着基因测序技术的发展,16S rDNA 扩增子测序技术的应用

越来越,已成为研究大气、水、油井等环境样品中细菌群落结构的重要手段。采用高通量测序技术对样本 16S rDNA 片段进行测序,可以获得准确的序列信息和更大的数据量,从而 在后续分析中获得更加深入、和可靠的结果。

16S/18S/ITS 等全长扩增子测序利用二代高通量测序技术通过提取环境样品的DNA,对微生物的16S rDNA、18S rDNA、ITS以及目标区域扩增子测序,检测环境微生物多样性。全长16S测序:细菌群落结构多样性。全长18S测序:真核微生物群落结构多样性。全长ITS测序:群落结构多样性。生信分析样本中细菌、古细菌以及的种类组成和含量,揭示样本中微生物种类以及彼此间的差异、相对丰度、种群结构和进化关系;在研究微生物与人类医疗健康、食品安全、环境检测与治理、微生物资源的利用等方面有着重要的指导意义。ITS 多种测序供您选择。

对于 ITS 基因扩增,由于整个 ITS 区域太长,

目前的第二代测序无法对其进行完全测序。因此,

我们捕捉的目的片段目前只针对 ITS1 或 ITS2 区

域,EMP 则是推荐了扩增 ITS1 基因的引物对

ITS1F/ITS2。由于这对引物是在物种中只有一

小部分分子变异已知的情况下设计的,因此在我们

的结果中其覆盖度并不高。在过去的研究中,这对

引物在担子菌等部分类群的扩增中有错配,甚

至不匹配的比例很高,因此当我们允许一个碱

基的错配时,这对引物对 Unite ITS1 数据库的覆盖

度可以提高一倍。 根据您的具体需求选择不同的16s 18S ITS 测序。细菌16S测序服务

16s 的各种测序应用领域还是不一样的。细菌16S测序服务

2003 年, Jang JC 等利用 PCR- RFLP ( 限制性片段长度 多态性) 方法扩增出 16S rDNA 序列的 976bp 长 度片段, 对韩国传统泡菜中的明串珠菌进行了鉴 定。2003 年, CN Rachman 等对使用种特异性寡核 苷酸引物扩增 16S- 23S rDNA 的方法鉴定食品乳 杆菌 ( Lactobacillus alimentarius) 和香肠乳杆菌( Lactobacillus fauciminis) 进行了检测, 证明该引 物对上述两种菌的鉴定特异性较高。2003 年, L Somer 等利用 PCR 扩增 16S rRNA 序列的方法对 食 物 中 的 单 核 细 胞 增 生 利 斯 特 氏 菌( Listeria monocytogenes) 进行了鉴定。2003 年, C Mullie 等 利用套式 PCR 扩增 16S rRNA 的方法对人源 26 株双歧杆菌进行了鉴定。细菌16S测序服务