中药网络药理学能较好地体现中医药整体观，可用于阐释中药医疗疾病的物质基础和作用机制，常规研究思路可分为以下步骤:1、成分收集及处理:通过检索数据库、文献，收集中药所含化学成分。对化学成分进行ADMET筛选。2、成分靶标的收集:基于数据库，对经ADMET筛选后的化学成分进行靶标收集。3、疾病靶标的收集:基于数据库，对疾病靶标进行收集。4、成分与疾病共同靶标的确认:采用韦恩图进行确认。5、成分--共同靶标网络的建立与分析:采用Cytoscape软件，建立成分--共同靶标网络，并进行拓扑分析，预测物质基础和关键靶标。6、基因富集分析:对共同靶标进行基因富集分析，预测中药医疗疾病的关键通路。7、实验验证:采用适当技术，对预测的中药物质基础和作用机制进行实验验证。网络药理学数据的获取和验证：分子相互作用技术。辽宁医学专业网络药理学服务
网络药理学还受到许多毒理学研究者的高度重视。基于网络药理学、系统生物学等的研究提出了网络毒理学研究的理念，即根据构建网络模型来研究药物的毒理学性质。通过对网络模型的关联分析及揭示药物的不良反应及机制。从相关数据库中提取出基因、蛋白、不良反应等要素，将这些要素作为节点，运用计算机技术构建不良反应－药物－基因、靶点网络模型，推测和判断药物的不良反应及产生不良反应的物质。该研究思路不只为毒理学研究带来了全新视角，也为药物的安全性评价提供了新的依据。范骁辉等讨论了建立网络毒理学及中药网络毒理学研究思路，谈到复杂网络构建及分析技术的快速发展为网络毒理学的诞生奠定了基础。建立中药网络毒理学，有望为开展有毒中药的毒性成分筛查、致毒机制和配伍禁忌等研究提供了新的手段，不只为提高中药的安全性和合理用药提供技术支持，也必将推进中药现代化的进程。辽宁医学专业网络药理学服务网络分析通常包括：网络拓扑学信息计算、随机网络生成和比较以及网络分层和聚类。
网络药理学研究主要由网络构建、网络分析和实验验证三方面构成，即先利用公共数据库和文献，结合高通量组学技术和生物信息学技术，筛选出已知药物成分的靶点信息和特定疾病的靶点信息;然后采用网络可视化工具构建“基因-药物-靶点-疾病”多维生物网络模型，通过对网络中特定信号节点在细胞、分子以及生物整体水平上的多层次分析，找出关键节点，并从整体生物网络平衡角度发现目标药物对“致病网络”的干扰作用机制，进而预测已知药物防治疾病的药效活性成分、作用靶点及可能参与调控的细胞信号转导通路、潜在药理学机制和方剂配伍规律;结尾进行动物或细胞水平等的验证，揭示药物防治疾病的现代药理学机制，并探究药物所能干预的新的适应症。
网络的节点包括基因、通路、疾病、化合物、蛋白质结构域、生物学进程、蛋白质、代谢物、药物、内源性小分子等。边表示的相互作用包括实验测定理化相互作用、基因调控相互作用、基因共表达等其他相互作用。不同的节点和边构成了丰富的生物网络。常见的网络为“化合物-靶标-基因”网络，“化合物-靶标-通路”网络，“化合物-靶标”网络。网络分析通常包括网络拓扑学信息计算、随机网络生成和比较以及网络分层和聚类。常用的网络拓扑学分析内容包括度(degree)、介数(betweenness)、较短路径(shortestpath)、瓶颈(bottleneck)、中心节点(hub)、模块(moldule)、楔点(chokepoint)等。一个节点的介数值越大，流经它的数据分组越多，意味着它更容易拥塞，成为网络的瓶颈，是网络的关键节点。网络分析中关注较多的是度和介数，高的度值和介数值节点是新药发现和靶点预测的重点。数据溯源，评价拟分析的数据能否追溯，如参考文献具体信息、实验或临床试验详细结果等。
在中药研究领域，网络药理学会逐渐扮演重要的角色，中医药将不再是“伪科学”，中医药的研究可以充分运用网络药理学研究方法，证实中药及其复方中的多种活性成分是通过多途径、多环节、多靶点来医疗复杂疾病的，将传统中医药的优势和较新的科学技术相结合，明确中药及其复方在体内作用的物质基础及作用机制，使中医药摆脱药理作用机制不明，药效成分不明的窘境，将中医药现代化并推向世界。中药药效评价是借鉴西药评价体系，如单因素观察评价模式，这种模式对对复方中药的药效评价并不周全。中药讲究辨证论治、用药灵活，且中医和西医对疾病本质的认识也相差较大，因此，中药的药效也应该从多角度、多层次去评价。在生物网络中，大多数节点度较小，而一小部分节点度比较大，度值大的节点被认为是中心节点。辽宁医学专业网络药理学服务
近年来，网络药理学在中医药领域应用普遍。辽宁医学专业网络药理学服务
网络药理学是近年来新兴的研究方法。它可分析生物系统网络，并通过生物网络中节点的连接和节点之间的相互作用关系来分析网络的特征，进而阐释药物的作用机制。它强调药物、靶点和疾病之间相互作用的完整性和系统性。作为一种方法和技术，网络药理学为药物的发现、研究和综合评估提供了一种新方法。它具有中医辨证的特点和中药医疗的整体观。研究表明，厚朴“发汗”之后，成分的含量会产生差异。且其镇痛作用会降低，毒性和抗溃疡的作用会增加。然而厚朴“发汗”之后产生疗效差异的分子机制尚未明确。辽宁医学专业网络药理学服务
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