在土壤环境方面 1.土壤温度一般在10-40℃。当温度低于10℃、高于40℃，菌肥的施用效果比较差。 根据土壤墒情施用菌肥的*佳温度是25℃～27℃，磷细菌可能需要的温度高一些，在30~37℃较适宜。 2.土壤含水量在50-70%时较适宜。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度*为适宜。 3.土壤里要有足够的有机质，可配合着使用一些有机肥，去给活菌提供一些营养来支撑它去发挥作用。（少部分能自力更生的除外）。 4.酸碱度方面要根据有效菌种的要求，按需要改良土壤。（它们对酸碱性比较敏感，酸碱度不适宜会影响他们的活性） （大部分菌剂都不喜欢酸性环境。比如根瘤菌和固氮菌，土壤中性和微碱性都可以，不能是酸性的。酸性土壤用之前可以用石灰中和一下。） 5.要保证土壤中有足够的氧气，比如不能浇大量的水，水太多使土壤的透气性降低，不利于菌的存活。尤其是根瘤菌对氧气要求比较高。有机质是生物菌的载体, 是生物菌赖以生存的食物, 所以菌肥一定要与有机质同时施用。有机菌肥
环保 利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效途径。已应用的主要是两种方法，一是将大量的城市生活垃圾作为原料经处理由工厂直接加工成微生物有机复合肥料；二是工厂生产特制微生物肥料(菌种剂)供应于堆肥厂(场)，再对各种农牧业物料进行堆制，以加快其发酵过程，缩短堆肥的周期，同时还提高堆肥质量及成熟度。另外还有将微生物肥料作为土壤净化剂使用。 菌肥，亦称生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂等。有机菌肥生物菌肥在施用的过程中不能有杀 菌环境。
运输或存储时具体适宜的环境以及注意事项： 1.光照：菌一般怕光，忌暴晒。（因为它们是在土壤中生长的）。 2.温度：存储放置时，一般15-28℃较适宜。不能太高也不能太低，更不能忽高忽低。 3.湿度：不能太干也不能太湿，不能被雨淋。 湿度太大会导致提前萌发，不能适时的发挥它的作用，还容易发霉。太干直接不利于菌的存活。 4.气：主要是不能在空气中暴露。 像拆开包装后就要立即使用，放久了的话，空气中的杂菌会侵入，从而影响有效菌存活，影响活性。 对于零售商向他们介绍时，要提醒他们注意菌肥在储存、运输中的环境条件。
长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。一种看法认为它肥效很高，把它当成***肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；另一种看法则认为它根本不是肥料。其实这两种都是偏见。国内外多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。因此，我们认为它是肥料，又与传统化肥和有机肥在概念和内涵上不同。在植物根际施用微生物肥料，就可以增加根际土壤中的有益菌的数量和活性，导致土壤肥力的增强。
（一）要求土壤墒情适宜。 土壤太干或太湿都不利于菌肥肥效的发挥，适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度*为适宜。 （二）不能与杀菌剂混用 菌是菌肥的主要体现，杀菌剂容易杀灭菌肥中的活性菌，降低菌肥的肥效。 （三）与化肥混用，要注意化肥用量不能过大。 高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。 （四）不同种类的菌肥也不宜混用。 市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抑 制作用还不是很清楚，若相互抑 制，则会降低肥效。由于生物菌大部分是好氧菌, 在土壤见干见湿时生命力才活跃。有机菌肥
菌肥含有“有机质、氮、磷、钾”等作物生长所必需的营养成分。有机菌肥
3.对于一些*有活性菌的纯生物菌剂，建议配合氮肥使用。 因为大多数有效菌发挥作用需要氮营养。固氮菌尽量不要和***氮一起用，因为***氮会提供氮元素，它周围氮元素比较多时它就不发挥什么作用了。 4.磷细菌和磷矿粉一起用效果好。再加上有机肥会更好。 5.多种生物菌肥不宜同时使用。 应用生物菌肥时*好只使用一种，不宜将含有不同有益菌的多种生物菌肥同时使用，更不应经常更换使用不同种类的生物菌。 因为生物菌肥要发挥作用，需要有益微生物大量繁殖才能发挥作用。而微生物与微生物之间存在互生、共生（狭义的）和对抗三类关系，其中对抗关系又包括拮抗、寄生、竞争、捕食等多种类型。一般不同的菌肥产品所含的主要有益菌种不同。 要注意不断补充新的菌肥，如基肥中用过后，可多次追同一种生物菌肥，以壮大菌群，提高防效。有机菌肥